La Repubblica romana giacobina fu travolta dalle armi della seconda coalizione il 29 settembre 1799. In attesa del ritorno del pontefice, il comandante delle truppe napoletane Emanuele de Bourcard istitutì un governo provvisorio che il suo successore, il generale Diego Naselli, trasformò in Suprema Giunta di Governo. Tra i primi provvedimenti di tale governo vi fu l'istituzione di un tribunale speciale, costituito il 10 novembre 1799 con il nome di Giunta di Stato ed il compito di punire quanti avessero infranto o infrangessero le leggi promulgate dalle truppe napoletane e manifestassero intenti sediziosi. La Giunta era composta da monsignor Giovanni Barberi quale Avvocato fiscale e dagli avvocati Alessandro Tassoni, Giovan Battista Paradisi e Francesco Maria Rufini come giudici. Il cavalier Giacomo Giustiniani fu Presidente del tribunale e Agostino Valle svolse le funzioni di avvocato difensore dei "Rei di Stato" .