Unico ospedale in Roma di fondazione papale, sorse sulla plurisecolare Schola Saxonum dove cioè trovavano ricovero, sembra dall'VIII secolo, gli inglesi quando venivano in pellegrinaggio a Roma. Innocenzo III, ammirato dell'opera che aveva realizzato in Francia nella sua città natale Guido da Montpellier fondando l'ordine degli ospitalieri e un ospizio ove ricoverare i poveri ammalati, volle dotare anche il centro della cristianità di un simile istituto. Il 19 giugno 1204 il Pontefice, che con vari provvedimenti aveva già dimostrato il proprio apprezzamento per la fondazione di Montpellier e che aveva voluto a Roma Guido per la organizzazione e la direzione del nosocomio romano, con la bolla Inter opera pietatis, conferma la fondazione dell'Ospedale di S. Spirito di Roma, ne sancisce la stretta unione con l'omonimo ospedale di Montpellier e delinea nei suoi punti principali la regola sulla quale doveva poggiare la nuova istituzione. Precedentemente Innocenzo III con il breve del 1° dicembre 1201 aveva assegnato all'Ospedale romano la chiesa di S. Maria in Saxia con le sue rendite e aveva direttamente provveduto con elargizioni in denaro a costituire le prime solide basi patrimoniali. Da quel momento, sull'esempio del Pontefice, re, cardinali, alti prelati, nobili e persone comuni contribuirono con donazioni e lasciti pro anima a creare un vastissimo patrimonio immobiliare e fondiario. Contemporaneamente alla nascita dell'Ospedale e nel suo ambito venne fondata una Confraternita denominata di S. Spirito. Questa Confraternita, a differenza di quelle che fondarono e amministrarono gli ospedali romani, soprattutto nei secc. XV-XVI, non ebbe un rilievo primario nella vita dell'Istituto anche se da un punto di vista formale l'essere ascritti nelle sue file era considerato un punto di merito. La Confraternita romana di S. Spirito contò migliaia di iscritti di tutti i ceti sociali e nei suoi Libri fraternitatis, ove veniva annotato il nome e la data d'iscrizione, e nei Libri degli anniversari, ove veniva annotata la data della morte dei confratelli, si possono leggere i nomi di illustri personalità accanto ai nomi di umili artigiani e operai. I confratelli che dovevano essere persone di vita esemplare erano tenuti, se ne avevano la possibilità finanziaria, ad una offerta annuale; si riunivano solo in occasione delle feste principali e delle processioni e avevano il dovere di dedicare parte del loro tempo ad assistere gli infermi e i bisognosi.
Le varie succursali dell'Ospedale di S. Spirito di Roma (in tutto sembra 1.200) che sorsero numerose non solo in Italia e in Europa ma anche nelle altre parti del mondo ebbero tutte, nel loro ambito, una Confraternita simile a quella romana; segno distintivo degli ospedali e delle Confraternite di S. Spirito era la caratteristica doppia croce che ancora oggi resiste su alcuni edifici romani e che caratterizza molte legature dell'archivio.