Il 1° giugno 1499 Alessandro VI, con la bolla Cogitantes humanae conditionis, riconosce la Confraternita di S. Rocco fondata dagli osti e dai barcaroli del porto di Ripetta e consente ad essa di costruire, nelle adiacenze della mole augustea, una chiesa in onore del santo patrono. La costruzione della Chiesa fu il principio di un'opera più vasta perché ad essa venne aggiunto già nel 1500 un Ospedale. L'attività ospedaliera fu inizialmente generica, ma col tempo, data la dislocazione del nosocomio in un quartiere abitato da molte meretrici, si specializzò nell'assistenza alle partorienti dal parto difficile e alle partorienti nubili. Queste ultime venivano ricoverate senza dover svelare la loro identità (per questa ragione l'Ospedale si chiamò anche «delle celate») e durante la loro degenza erano protette da qualsiasi indiscrezione. Nel sec. XVI la Confraternita e l'Ospedale ottennero riconoscimenti ed indulgenze dai pontefici Leone X, Clemente VII, Paolo IV, Pio IV e Gregorio XIII.