Istituita con la costituzione Quod divina sapientia di Leone XII del 28 agosto 1824 [1], fu il dicastero centrale per la pubblica istruzione, materia considerata attinente più alle attività spirituali che a quelle temporali.
Per i precedenti, accenniamo alle Commissioni o Congregazioni istituite per l'Università di Roma: da Leone X nel 1513, da Sisto V con la Decima congregazione, che ebbe competenza anche sulle Università straniere fondate da pontefici; vedi anche i brevi di Giulio III Dum attentae sollecitudinis del 23 gennaio 1552 e Pastoralis officii del 27 marzo 1552. Pio VII volle richiamare in vita la Congregazione sistina e nominò una Commissione cardinalizia per riorganizzare la materia degli studi (art. 247 del motuproprio 6 luglio 1816). La Congregazione fu trasformata in Ministero della istruzione pubblica con il motuproprio del 29 dicembre 1847, con competenza su tutto ciò che si riferiva al pubblico insegnamento, salvi i diritti dell'autorità ecclesiastica. Ne dipendevano le università, i collegi, le scuole, le biblioteche, le accademie e istituzioni scientifiche e letterarie e in genere tutti gli stabilimenti per l'istruzione pubblica sia scientifica che industriale.
Unico caso fra i ministeri, ritornò ad essere una Sacra congregazione dopo la Restaurazione del 1849. Il prefetto degli studi non faceva parte del consiglio dei ministri.