Le Commissioni militari furono tribunali militari presenti dal 1806 negli altri dipartimenti dell'Impero ed istituiti nei territori ex pontifici fin dal 1808, in seguito all'occupazione francese, per giudicare i reati di brigantaggio e favoreggiamento.
Il 9 settembre 1809 il generale Miollis, governatore generale e presidente della Consulta straordinaria, istituì una Commissione militare permanente nella XXX divisione militare per il giudizio dei reati di brigantaggio, furto ed altri attentati alla sicurezza pubblica. I giudizi delle Commissioni militari erano inappellabili ed immediatamente esecutivi. In realtà la definizione dei reati di competenza di tali Commissioni non era sufficientemente precisa e diede adito a conflitti tra le autorità giudiziarie ordinarie e quelle militari. In merito il Ministro della giustizia, interpellato dal procuratore imperiale Le Gonidec, precisò il 12 gennaio 1812 che la competenza delle Commissioni militari era limitata ai casi di flagranza di reato di brigantaggio mentre per la città di Roma si estendeva al giudizio sulla resistenza alla forza pubblica e sulle aggressioni a mano armata sulle pubbliche vie.