L'istituzione (17 gennaio 1435) della magistratura risale al pontificato di Eugenio IV. Il governatore di Roma era nominato direttamente dal pontefice e durava in carica due anni con possibilità di riconferma. Egli cumulava nella sua persona, oltre alla carica di giudice ordinario, anche quella di capo della polizia e di vice-camerlengo in seno alla Camera apostolica. Il suo Tribunale giudicava sia in materia civile che in materia criminale e la sua giurisdizione si estendeva su Roma e il suo distretto. In materia civile (cause di primo grado del valore non superiore ai cinque scudi e cause d'appello contro le sentenze dei vari governatori dello Stato pontificio) esso era composto di un uditore e di un luogotenente; la cancelleria era affidata a due notai. In materia criminale (per il diritto di prevenzione su tutti gli altri Tribunali di Roma, qualsiasi reato commesso nel raggio di quaranta miglia intorno alla città poteva essere di sua competenza) esso era composto di due luogotenenti cosiddetti di «cappa negra», di due sostituti luogotenenti, di dieci sostituti fiscali addetti alla istruzione dei processi; la cancelleria era affidata a dodici notai alle dipendenze di un capo-notaio ed era chiamata della «carità» perché risiedeva presso la Confraternita di S. Girolamo della carità.
La riunione collegiale dei giudici in criminalibus più due prelati assessori aggiunti durante il pontificato di Benedetto XIV formava la Congregazione criminale del governo. Inoltre in seno al Tribunale del governatore agiva anche un'altra Congregazione detta Congregazione di lettura delle liste dei carcerati.
In materia di multe il governatore poteva infliggerne fino alla somma di seimila scudi per i cittadini di censo elevato che avessero trasgredito agli ordini di arresto domiciliare. Egli poteva inoltre condannare alla pena di morte con la sola eccezione della dispensa pontificia quando si trattava di ecclesiastici. In qualità di capo della polizia il governatore aveva una competenza riservata in materia di teatri e di pubblici spettacoli esercitando la censura. Il tribunale del governatore fu soppresso con il già citato ordine della consulta straordinaria degli Stati romani del 17 giugno 1809 con decorrenza 1° agosto; fu ripristinato nel 1814. Nel periodo successivo le competenze del Tribunale del governatore passarono prima al Tribunale del governo di Roma e poi al Tribunale criminale di Roma.
La giurisdizione civile del governatore soppressa in periodo napoleonico (17 giugno 1809), fu ripristinata con notificazione del 18 giugno 1814 per cessare definitivamente nel 1816.