Congregazione cardinalizia istituita da Sisto V con la costituzione "Immensa aeterni Dei" del 22 gennaio 1588 che aveva competenza in materia di corsi d'acqua e di laghi, di strade e di ponti.
Strettamente collegata alla Congregazione sistina super viis, pontibus et fontibus, era presieduta da un cardinale e ne faceva parte il chierico di Camera presidente delle acque, nelle cui mani si andò concentrando la competenza sugli acquedotti di Roma; solo dell'acqua Vergine, o Trevi, continuò ad avere cura la Camera capitolina che, nel tempo, venne esautorata dal camerlengo e dal presidente delle acque. La cura dell'acqua Paola, condotta in Roma da Paolo V, era stata affidata ad una congregazione istituita con la costituzione In sede beati Petri del 13 settembre 1612 (della quale faceva parte un chierico di Camera, il tesoriere generale e il commissario della Camera).
La competenza della congregazione delle acque si estese a tutte e tre le acque di Roma: la soprintendenza dell'acqua Paola era stata riunita a quella dell'acqua Felice con chirografo di Clemente XI del 26 novembre 1701 [1], la cura dell'acqua Vergine, affidata alla magistratura capitolina, fu sottratta da Clemente XI alla competenza dei conservatori e concentrata, insieme a quella delle altre acque romane, nella presidenza [2].
La Congregazione delle acque aveva competenza, oltre che sulle acque e fiumi, anche su ponti, molini, condotti, chiaviche, canali, porti, bonifiche. Il presidente delle acque faceva parte anche della Congregazione delle Chiane e della Congregazione delle paludi pontine, che avevano lo stesso notaio segretario delle acque e delle strade.