Attraverso la costituzione Sollicitudo pastoralis officii del 1 ° agosto 1588 Sisto V istituì archivi pubblici con l'obbligo di esibire le copie degli atti notarili, in tutto lo Stato, con le eccezioni di Roma (1) e Bologna e sua provincia, ponendoli sotto il controllo di un Prefetto . Il prefetto degli archivi era un chierico di Camera, dapprima estratto a sorte annualmente (bando del camerlengo, 12 settembre 1588, art. 18). Il 31 ottobre 1588, con la costituzione Sollicitudo ministerii pastoralis, Sisto V creò la carica di reggente degli archivi, carica che fu acquistata da Fabio Orsini, referendario di segnatura, ma ben presto soppressa, nel giugno 1591, da Gregorio XIV il quale confermò, a partire dal 1592, la norma della nomina annuale, per estrazione a sorte, di un chierico di Camera quale prefetto (per lo scorcio del 1591 gli archivi furono affidati al decano della Camera). Dal 1722 il prefetto degli archivi fu nominato dal sovrano a tempo indeterminato (bando di Innocenzo XII del 21 agosto 1721). Con l'editto sugli archivi di Benedetto XIV, del 1°giugno 1748 fu emanato un vero e proprio regolamento sugli archivi notarili. Nel 1822 la Prefettura fu sostituita dalla Presidenza degli archivi.