Istituita da Leone XII con chirografo 21 dicembre 1828 [1], riunendo le competenze sulle dogane che appartenevano alla segreteria del Tesorierato generale della Camera e alla Computisteria generale della Camera. Ad essa era affidata l'amministrazione-generale delle dogane di tutto lo Stato e dei dazi di consumo di Roma e delle quattro Legazioni; il direttore generale, nominato dal sovrano, era «sotto l'assoluta dipendenza» del tesoriere. Alla sua istituzione, la Direzione era ripartita in tre divisioni: la prima, che comprendeva Roma e la Comarca e le delegazioni di Spoleto (con Rieti), Perugia, Viterbo (con Civitavecchia) e Frosinone, era amministrata dalla stessa direzione generale; la seconda, che comprendeva le delegazioni di Ancona, Urbino e Pesaro, Macerata (con Camerino) e Fermo (con Ascoli), aveva sede in Ancona; la terza, comprendente le quattro Legazioni, in Bologna [2]. La Direzione generale era divisa in Segreteria (con quattro sezioni: atti d'ufficio, impiegati e guardie doganali, regolamento e commercio, affari contenziosi) e Computisteria (anch'essa con quattro sezioni: contabilità delle dogane, revisione, vestiario delle truppe doganali, materiale).
Presso il tesoriere generale, inoltre, era stabilito un consiglio di amministrazione e disciplina per le dogane e i dazi di consumo, organo consultivo sugli affari di maggiore importanza [3].
Nel 1832 la Direzione delle dogane divenne la seconda Direzione generale del Tesorierato (vedi anche Istruzioni per la direzione generale delle dogane, dazi di consumo, macinato ed altri annessi esercizi del 28 settembre 1833) e, per il motuproprio del 29 dicembre 1847, una Direzione generale del Ministero delle finanze, intitolata alle dogane e dazi di consumo; per l'editto 10 settembre 1850 sui ministeri fu intitolata «delle dogane, dazi diretti e indiretti».