Eretta da Bonifacio VIII con bolla del 20 aprile 1303 ebbe pienezza giuridica soltanto dal 1318 quando le venne concessa la potestà, fino a quel momento propria della Scuola palatina, di conferire i titoli accademici. L'amministrazione e la regolamentazione dello Studio romano furono affidate ai Senatori che provvedevano anche alla nomina dei professori. Le lauree e i gradi accademici erano invece conferiti dall'arcicancelliere quale rappresentante del Pontefice nella organizzazione universitaria. La carica di arcicancelliere spettava di diritto al cardinale camerlengo. L'autorità accademica più importante dopo l'arcicancelliere era il rettore che aveva giurisdizione civile e penale sui professori e sugli studenti. Egli venne dapprima eletto dal corpo dei professori e degli studenti, successivamente nominato dal Pontefice. Il rettore aveva alle sue dipendenze i maestri regionari di grammatica, un notaio con funzioni di segretario e due bidelli.
Attraverso i secoli l'Università romana subì varie riforme tra le quali le fondamentali furono effettuate dai pontefici Eugenio IV, Giulio II, Sisto V, Benedetto XIV e Leone XII. L'organizzazione interna dell'Università si articolava in quattro Collegi. Il Collegio medico, preesistente alla fondazione dell'Università stessa e derivante con molta probabilità dalla corporazione delle arti medico-chirurgiche, era formato da un piccolo gruppo di medici romani presieduto dal protomedico. Esso ebbe sempre in seno allo Studio una posizione di preminenza anche per la presenza nelle sue file del medico del papa. Il Collegio legale o degli avvocati concistoriali ebbe anch'esso origine antica ed era presieduto dal decano. Il Collegio teologico molto probabilmente istituito da Pio IV era presieduto dal maestro del sacro palazzo. Il Collegio filosofico istituito da Leone XII comprendeva oltre alla classe di filosofia ed arti anche quelle di matematica e fisica sottratte al collegio medico.