La Delegazione apostolica di Civitavecchia fu istituita da Pio VII con il motu proprio del 6 luglio 1816 sulla riorganizzazione amministrativa dello Stato ecclesiastico, che ne ripartiva il territorio in 17 delegazioni oltre ai luoghi suburbani soggetti alla Capitale. Ciascuna delegazione era poi ripartita in governi a cui facevano capo i singoli comuni. Secondo il Riparto territoriale del 1817, pubblicato con l'editto del Consalvi Segretario di Stato (2) , la delegazione di Civitavecchia comprendeva il governo distrettuale omonimo, i governi subordinati di Corneto (Tarquinia), Tolfa, Toscanella e i governi baronali di Ceri, Civitella Cesi, Manziana e Monteromano. La circoscrizione territoriale ed il numero dei governi della Delegazione mutarono con i provvedimenti successivi: dal 1824 al 1831 la Delegazione di Civitavecchia fu riunita a quella di Viterbo e tornò autonoma con l'editto della Segreteria di Stato del 5 luglio , seppur privata del territorio del Governo di Toscanella (Tuscania) con Arlena, Canino e Tessennano, passato alla provincia di Viterbo.
Era retta da un prelato, il delegato pontificio, nominato dal papa con provvedimento della Segreteria di Stato per rappresentare nella circoscrizione affidatagli il governo centrale: aveva pertanto ampie competenze politiche ed amministrative e gestiva fino al 1831 anche la giustizia penale. Dal delegato dipendevano i governatori locali, per quanto riguardava le competenze amministrative.
Per il disbrigo degli affari il delegato apostolico era affiancato da una Congregazione governativa anch'essa di nomina sovrana, che aveva funzioni consultive su tutte le questioni e voto deliberativo nell'approvazione dei bilanci. L'ufficio del delegato si avvaleva di un segretario generale e di due assessori: questi ultimi svolgevano nel capoluogo della Delegazione le funzioni giudiziarie in cause di minore entità, attribuite altrove ai governatori locali, e facevano parte del Tribunale criminale presieduto dal delegato fino alle riforme del 1831.
A partire da tale riforma, il delegato presiedeva anche il Consiglio provinciale, organo di nuova istituzione parzialmente rappresentativo delle istanze locali.
Secondo le norme emanate nel 1850 che aggregava le delegazioni in più ampi ripartizioni amministrative a carattere regionale, la Delegazione di Civitavecchia fu ricompresa nel Circondario di Roma.