Il ruolo del Corpo reale del Genio civile nella trasformazione di Roma in città capitale non fu molto rilevante nel primo quarantennio unitario, perché ad esso si sostituirono uffici speciali, nati in seno al Segretariato generale dei lavori pubblici e direttamente rispondenti all'autorità politica. Tuttavia molti ispettori del Corpo furono chiamati ad assumere compiti di responsabilità presso gli stessi uffici speciali o all'interno delle commissioni, che vennero costituite, e a ingegneri del Genio civile vennero attribuiti rilevanti incarichi per la progettazione di importanti edifici.
Un ruolo organico del Genio civile si ebbe, invece, per gli interventi sul Tevere, da più parti sollecitati, soprattutto dopo l'inondazione del dicembre 1870.
Gli anni Ottanta dell'800 furono caratterizzati dagli accordi fra lo Stato e il Comune di Roma per la realizzazione delle opere governative necessarie alla capitale. Ben presto, però, il governo ritenne più produttivo distinguere in modo chiaro le opere governative da quelle comunali. Si giunse, così, alla legge 20 luglio 1890 n.6980, che affidava allo Stato l'insieme delle opere previste dalle convenzioni dei primi anni Ottanta. Per l'esecuzione di tali opere si tornò a costituire una struttura centrale in seno al Ministero dei lavori pubblici, l'Ufficio per le opere governative ed edilizie di Roma, al quale spettò anche la direzione e la vigilanza di tutti i lavori necessari al completamento del piano regolatore di Roma. Questo ufficio, però, non riuscì mai a decollare e già nel 1897 venne soppresso.
All'inizio del '900 l'Ufficio speciale del Genio civile, già preposto al Tevere urbano, ebbe tra i suoi compiti anche il completamento della costruzione del palazzo di Giustizia e del Policlinico. Il nuovo organismo sopravvisse pochi anni e fu soppresso con r.d. 20 luglio 1903 n.353, facendo rientrare nel Servizio generale le opere di edilizia demaniale, mentre l'Ufficio per il Tevere urbano divenne una struttura preposta al servizio idraulico, dal momento che in esso furono concentrati i lavori di bonifica dell'Agro romano. Nel 1901 fu creata una Commissione reale per l'ultimazione del monumento a Vittorio Emanuele II, mentre dal 1907 funzionò l'Ufficio speciale del Genio civile per i lavori al monumento a Vittorio Emanuele II, che continuò a operare fino al primo dopoguerra.
Il Servizio generale ebbe difficoltà a far fronte agli impegni, che nel primo decennio del '900 andavano aumentando, tanto da essere costretto a costituire uffici tecnici presso i principali edifici in via di costruzione. Si arrivò, così, nel 1911 alla costruzione dell'Ufficio speciale per gli edifici governativi. Intanto l'opera della Commissione Scamuzzi, voluta da Giolitti per studiare la sistemazione delle sedi delle amministrazioni centrali, portò all'individuazione delle aree su cui sarebbero dovuti sorgere gli edifici ministeriali. La gestione di questi lavori fu affidata al Genio civile attraverso uffici tecnici speciali. Giolitti riconobbe il ruolo del Genio civile con estrema autorevolezza e ufficialità. In considerazione, però, della pregnanza delle costruzioni parve opportuno costruire un Ufficio speciale del Genio civile, di livello periferico, utilizzando i più valenti ingegneri del Corpo, con computi limitati all'edilizia demaniale, senza sconfinamenti sui poteri comunali propri degli uffici ministeriali di fine secolo.
Il r.d. 9 agosto 1911 n.951 istituì l'Ufficio speciale del Genio civile per la costruzione degli edifici governativi e chiarì che la parte artistica e architettonica degli edifici rimaneva di competenza delle singole amministrazioni centrali, che si sarebbero occupate della scelta degli architetti. L'Ufficio ebbe una dipendenza molto tenue dal Ministero dei lavori pubblici anche perché finanziariamente la gestione era affidata ai singoli ministeri interessati alle costruzioni e non attraverso l'iscrizione delle somme nel bilancio unico del Ministero del lavori pubblici.
La guerra bloccò in gran parte i lavori agli edifici anche in considerazione dell'estrema variabilità dei prezzi indotta dal rincaro delle materie prime.
Dopo il conflitto aumentarono le competenze dell'Ufficio speciale per gli edifici governativi, al quale furono attributi (r.d. 3 febbraio 1918 n.105) non solo l'intera edilizia demaniale di Roma, ma anche quella della provincia. Queste ultime competenze però l'anno seguente con r.d. 6 ottobre 1919 n.1927 rientrarono fra le attribuzioni del Servizio generale, lasciando all'Ufficio speciale, ritornato alla denominazione del 1911, tutta la piazza di Roma. L'Ufficio speciale inoltre assunse poteri nel settore dell'edilizia popolare, molto incrementata a Roma a partire dai primi anni del secolo, con la creazione dell'Istituto autonomo delle case popolari e degli Istituti per le case degli impiegati dello Stato. I progetti dei lotti e gli stati di avanzamento passavano normalmente al vaglio del Genio civile per l'approvazione. Altrettanto significativo il ruolo del Genio civile per la gestione degli edifici del fondo per il culto.
Quando alla fine degli anni Venti gli edifici governativi furono in via di completamento, l'Ufficio speciale ad essi deputato venne soppresso (r.d. 31 maggio 1928 n.1924) e le sue competenze tornarono al Servizio generale. L'Ufficio per le opere edilizie della capitale, diretto discendente dell'Ufficio degli edifici governativi giolittiano, rinascerà nel 1942, ma si troverà ad operare in una struttura amministrativa molto mutata, con l'estensione a tutto il territorio nazionale, avvenuta dopo il conflitto mondiale, dei Provveditorati regionali alle opere pubbliche.
Il Servizio generale del Genio civile negli anni in cui rimase istituito l'Ufficio speciale per gli edifici governativi conservò intatte le sue competenze solo per i lavori in provincia di Roma, esclusa la città. Ma, a partire dal 1928, il Servizio generale riprese le sue funzioni anche per la città di Roma e con i provvedimenti degli anni successivi, che sancirono il concentramento dell'amministrazione dei lavori a tutti gli edifici demaniali nel Ministero dei lavori pubblici e quindi nel Genio civile, accrescere le sue competenze.