Il 22 gennaio 1588, con la bolla Immensa Aeterni Dei, Sisto V istituì quindici congregazioni per il governo della Chiesa e dello Stato pontificio, tra le quali la Congregazione degli sgravi, che aveva il compito di conoscere le lamentele delle comunità eccessivamente gravate da tesorieri e commissari per le tasse imposte dalla Camera apostolica. Nel 1592 le sue competenze confluirono nella Congregazione del Buon Governo, organismo creato da Clemente VIII e destinato a sovrintendere all'amministrazione comunale per quanto concerneva le imposte e l'economia in genere. Essa aveva non solo il compito di controllare l'operato dei tesorieri provinciali mediante la decisione dei ricorsi delle comunità contro il loro operato, ma anche di dirimere le controversie tra i sudditi e gli organi di governo municipali circa i criteri di ripartizione tra i cittadini delle tasse comunali e statali. Tali criteri erano scelti autonomamente da ogni comune, sempre o quasi sempre, penalizzando i ceti meno potenti.
Il 15 agosto 1592 Clemente VIII aveva, infatti, emanato la bolla Pro commissa, comunemente detta De bono regimine, che per due secoli e mezzo sarebbe stata la carta fondamentale dell'amministrazione locale pontificia. Essa si componeva di 31 articoli, che regolavano tutta l'amministrazione comunale in materia fiscale ed economica. Prevedeva che ogni comune redigesse annualmente una "tabella" delle spese, ovvero del bilancio preventivo, che doveva essere riveduto dai governatori o presidi delle province e poi approvato dal camerlengo e dal tesoriere generale della Camera apostolica. Una copia della tabella doveva rimanere presso la Camera e un'altra doveva essere restituita entro dieci giorni alla Comunità. Con la Pro commissa si prescrivevano, inoltre, norme per l'impiego di eventuali avanzi di bilancio, per il rendiconto degli amministratori cessati, per confermare disposizioni di Sisto V che proibivano l'alienazione dei beni delle comunità ed altre norme particolari.
Il 30 ottobre 1592, con la nomina da parte di Clemente VIII di tre cardinali deputati a far applicare quanto previsto dalla Pro commissa, nacque la Congregazione del Buon Governo. La "deputazione" venne rinnovata il 4 giugno 1605 da Paolo V, che aumentò a sei il numero dei cardinali e diede ad essi facoltà di chiamare al proprio fianco come consultori alcuni prelati e dottori in legge. Le relative nomine dovevano essere approvate dal pontefice. Inoltre, fra i prelati o anche al di fuori di essi, poteva essere scelto un segretario della Congregazione[1]. Il numero dei membri si accrebbe rapidamente e, già nel 1629, ne facevano parte quattordici cardinali e dieci prelati e altri consultori, fra i quali il tesoriere generale. Nella persona del segretario, poi, si concentrò la direzione degli uffici, che via via si organizzavano e aumentavano, anche nel numero degli impiegati, man mano che crescevano i compiti del Buon Governo.
Nella costituzione del 4 giugno 1605 Paolo V aveva, inoltre, precisato che la Congregazione aveva anche il compito di esaminare tutte le cause - civili, penali e miste - di cui fossero attrici o convenute le Comunità dello Stato pontificio, sia immediatamente (dipendevano direttamente dalla Camera) che mediatamente soggette (dipendevano da un barone, cioè da un feudatario) [2]. Successivamente (23 novembre 1607) lo stesso Paolo V precisò che la Congregazione aveva competenza sulle cause civili, penali e miste, relative a corrisposte o proventi (eccettuate le pene dei malefici) concernenti in qualunque forma l'interesse delle Comunità e così pure sulle cause relative a rendimento o saldo di conti per ragioni di amministrazione, di annona, di denaro o beni, ecc..
Naturalmente, una volta istituita la Congregazione, passò ad essa la competenza di rivedere ed approvare i bilanci comunali e di svolgere tutte le mansioni già affidate nella Pro commissa al camerlengo e al tesoriere generale; così la copia dei bilanci fu conservata non più presso la Camera, ma presso la Computisteria della Congregazione del Buon Governo, o Computisteria generale delle comunità.
Alla Congregazione furono affidate, dunque, tutte le questioni relative alle comunità dello Stato (ad esclusione di Avignone), che spaziavano dall'amministrazione tecnica ed economica delle strade alla formazione dei catasti e alla compilazione dei censimenti della popolazione, dall'incoraggiamento dell'agricoltura e dell'industria, alla gestione di alcuni opifici (fu il Buon Governo, per esempio, ad iniziare la Ferriera di Terni), dalle spese militari per la lotta contro i Turchi o per i passaggi di truppe nelle guerre di successione alle operazioni finanziarie relative ai "monti" (prestiti pubblici.).
Per quasi tutto il Seicento, fino all'abolizione del nepotismo (1692), la carica di prefetto del Buon Governo fu in comune con quella di prefetto della Sacra Consulta essendo entrambe riunite nella persona del cardinal nipote, al quale era attribuita la qualifica di sovrintendente generale dello Stato ecclesiastico, cioè di primo ministro dello Stato temporale. Del resto la Sacra Consulta aveva giurisdizione sulle questioni politico-amministrative delle comunità, mentre la Congregazione sulle materie economiche.
Gli uffici della Congregazione del Buon Governo possono distinguersi in due fondamentali, con ruoli, impiegati, e talvolta sedi diverse: la Segreteria e la Computisteria. La Segreteria ebbe fino a diciassette impiegati, mentre la Computisteria ne ebbe sino a venticinque. Altre quattro persone erano addette all'amministrazione delle strade corriere e provinciali. In totale, quindi facevano parte del dicastero del Buon Governo più di una quarantina di impiegati, oltre al prefetto, ai ponenti, al segretario e all'avvocato fiscale. Quest'ultimo funzionario, istituito da Benedetto XIV con chirografo 13 febbraio 1756, vigilava sull'osservanza degli ordini emanati dal Buon Governo, sorvegliava la condotta degli impiegati delle comunità, esaminava sotto il profilo giuridico progetti e tabelle, interveniva a tutte le congregazioni, compariva in qualunque tribunale per difendere le comunità e rappresentava in giudizio il Buon Governo.
Dal 1738 la Congregazione del Buon Governo nominò, a seguito dell'accrescimento del debito delle comunità, un proprio esattore generale. L'esattore, che era anche cassiere generale della Congregazione, oltre a riscuotere il denaro dalle comunità, provvedeva anche ai pagamenti, su mandati firmati dal prefetto e dal segretario del Buon Governo (stipendi agli impiegati, lavori stradali, interessi del debito comunicativo ai creditori, ecc.). Già prima di quella di esattore generale, era esistita la carica di depositario generale delle comunità, esercitata da persone fisiche fino al 1743, quando la Depositeria generale fu affidata al Monte di Pietà. Con il XIX secolo mutò completamente il sistema e la stessa organizzazione interna delle "casse" del Buon Governo.
La Congregazione del Buon Governo assunse dagli inizi del sec. XIX compiti e funzioni ancor più vasti di quelli svolti nei due secoli precedenti, specialmente con l'attribuzione ad essa dell'amministrazione delle strade dello Stato pontificio e con la grande operazione della dimissione dei debiti delle comunità. Il Buon Governo era stato soppresso nel febbraio 1798, a seguito della proclamazione della Repubblica romana; fu ricostituito dal 1 novembre 1800 ma dal 26 ottobre 1799 le sue funzioni erano state affidate al tesoriere generale, con la qualifica di "incaricato dell'azienda economica delle comunità". La Congregazione fu nuovamente interrotta tra gli anni 1809 -1814 durante l'occupazione francese.
Con editto del 5 luglio 1831[3] ebbero fine la maggior parte delle attribuzioni del Buon Governo, che divenne una magistratura quasi esclusivamente giudiziaria. Cessò definitivamente il 1 gennaio 1848, in seguito al motuproprio del 29 dicembre 1847 [4], che istitutiva i Ministeri; le sue competenze sugli affari delle comunità passarono al nuovo Ministero dell'Interno.