La data di nascita di questa magistratura non è stata ancora precisata. Il Garampi (1) sostiene che il commissario esisteva già nel 1456; mentre in genere la sua istituzione si fa risalire ad Adriano VI (1522-1523) (2). Le sue attribuzioni peraltro cominciarono a delinearsi con precisione nella seconda metà del secolo XVI. La bolla pontificia "Cum inter coeteras" del 1564 stabilì che il commissario dovesse prendere nota delle commissioni date in Piena Camera ai chierici circa i controlli dei conti dei gestori del denaro camerale e dovesse vigilare sullo svolgimento rapido e corretto delle relative procedure. La costituzione "Attendentes" promulgata da Pio V nel 1568 vietò che si decidessero cause in materia di spogli e di illecite negoziazioni senza aver precedentemente citato il commissario. La bolla di Sisto V "Ad excelsum Universalis Ecclesiae" del 12 ottobre 1586 eresse l'ufficio di commissario apostolico in ufficio perpetuo vacabile e lo destinò a un chierico non coniugato, di integerrimi costumi e laureato in utroque iure. Ad esso conferì, inoltre, la cura e l'amministrazione degli archivi camerali e la facoltà di emanare norme per la loro buona organizzazione.
La sua importanza crebbe quindi insieme con quella del tesoriere generale del quale divenne il principale collaboratore. Aveva come compito primario quello di sollecitare ed istruire le azioni atte a perseguire qualsiasi persona fisica e giuridica che fosse debitrice morosa del fisco; aveva inoltre funzioni consultive ed estese funzioni di controllo su quanto attenesse l'interesse e la contabilità camerali.
Nei secc. XVII e XVIII partecipava a tutte le Congregazioni, sia stabili sia temporanee, in cui si discuteva di affari pertinenti il fisco e il demanio. Innocenzo XII nel 1693 stabilì che il commissario abitasse in una "commoda abitazione" nei pressi della dogana di terra a p.zza di Pietra (istituita dallo stesso Innocenzo XII) dove dovevano essere raccolti tutti i documenti relativi agli interessi dell'Erario ed ai diritti del Principato e della Santa Sede.
Alla fine del '700 l'ufficio del commissario era articolato in tre sezioni, ciascuna con a capo un sostituto commissario, che si occupava di un certo gruppo di materie il cui insieme costituiva l'intero ambito degli interessi camerali in tema di entrate fiscali e di demanio.