Giulio II nel 1512 creò un chierico di Camera prefetto dell'Annona (prefetto generale dell'annona era il cardinal camerlengo) confermando altresì quelle facoltà di cui godevano, a norma di statuto, i conservatori del popolo romano, facoltà che diminuirono nel tempo ma non cessarono mai del tutto (costituzione Si nostrarum civitatum del 28 marzo 1512). Tra le numerose disposizioni pubblicate in materia annonaria dai pontefici ricordiamo brevemente che Leone X (1513-1521) confermò la presidenza sull'annona ad un chierico di Camera; Clemente VII (1523-1534) confermò le disposizioni dei suoi predecessori e pubblicò varie norme largheggiando in permessi di esportazione del grano; Gregorio XIII (1572-1585) estese le facoltà del chierico di Camera prefetto dell'annona, specialmente in materia giudiziaria (costituzione Inter ceteras sul tribunale dell'annona, 7 maggio 1576, per la quale il prefetto dell'annona fu nominato non più annualmente ma a tempo indeterminato). Tra le quindici congregazioni sistine precedentemente ricordate, la quarta era quella sopra l'abbondanza, pro ubertate annonae, composta da cinque cardinali e dotata di un fondo di 200.000 scudi per sovvenzionare gli agricoltori; essa era incaricata dell'approvvigionamento e della vigilanza sulle condizioni economiche delle province. Innocenzo IX convocò una congregazione particolare in materia annonaria (1591); un'altra congregazione particolare fu costituita da Paolo V che confermò e richiamò la legislazione precedente (Inter gravissimas curas del 23 dic. 1605); lo stesso pontefice istituì una nuova congregazione cardinalizia il 19 ott. 1611 (Pastoralis officii). I pontefici successivi istituirono molte altre congregazioni particolari senza riuscire, in realtà, a risolvere i problemi dell'annona né ad incoraggiare la colonizzazione dell'agro romano né a favorire la cerealicoltura (1). Una nuova congregazione particolare super annona et re agraria benegerenda fu istituita da Benedetto XIII (1724-1730) che emanò varie leggi ad incoraggiamento dell'annona (costituzione Ad summum 15 ott. 1125 e motuproprio 18 mar. 1726), seguìto in questo da Benedetto XIV (costituzione Quo die 8 lu. 1748). Vanno ricordati altresì i numerosi provvedimenti pubblicati durante il pontificato di Pio VI.
La materia, più che alla congregazione cardinalizia, rimase affidata al chierico di Camera prefetto dell'annona e, al di sopra, al camerlengo e al tesoriere. Il prefetto aveva un suo tribunale (con un notaio, bargello e sbirri) che faceva parte del tribunale camerale. Per l'amministrazione della giustizia penale, dai primi del sec. XVIII, il prefetto si servi del giudice unico camerale, istituito nel 1709 per i giudizi penali delle presidenze e prefetture dei chierici di Camera. Segretario della presidenza era un notaio camerale. La giurisdizione della presidenza si esercitava sul distretto di Roma e sulle province annonarie, cioè Lazio, Marittima e Campagna, Sabina, Patrimonio (2).
Pio VII innovò la materia con i provvedimenti sulla libertà di commercio: il motuproprio 2 sett. 1800 abolì le leggi che costringevano i produttori a vendere il grano all'annona di Roma e prescrisse la libertà di vendita all'interno dello Stato e la libertà di prezzo, anche per grani e granaglie di provenienza estera; la vendita del pane rimase soggetta a tariffe e furono emanate norme per i fornai; fu altresì ordinata la soppressione dell'università dei fornai (3). L'esecuzione della legge annonaria fu affidata ad una deputazione annonaria, composta da un prelato, sei cavalieri, un assessore e un segretario, competente a prendere decisioni in materia annonaria, vigilare pesi e prezzi e con facoltà di decidere e ultimare tutte le controversie sull'annona ad esclusione di qualunque altro giudice o tribunale, con giudizio sommario, «sommarissimo, cioè sola facti veritate inspecta». La sua competenza si estendeva su tutto quanto, avendo relazione con materie annonarie, prima d'ora sarebbe stato portato dinanzi al tribunale della prefettura dell'annona.
Successivamente (4), fu fissata la procedura: per le cause civili la deputazione doveva essere composta dal prefetto dell'annona e da due dei sei cavalieri deputati, con un notaio cancelliere. Essa decideva anche in secondo grado sulle cause già giudicate dal nuovo tribunale annonario di Civitavecchia (5); sia nel giudizio di primo che di secondo grado, non era ammesso alcun appello in sospensivo, ma solo il ricorso in devolutivo al tribunale della piena Camera. Le cause dovevano essere ultimate entro otto giorni dalla comparsa o intimazione.
Nel 1828, con il motuproprio di Leone XII del 21 dicembre (6) che stabiliva il numero di nove dei chierici di Camera, l'annona veniva riunita insiema alla grascia in una sola presidenza. Successivamente, furono unificate anche le due deputazioni in un'unica deputazione dell'annona e della grascia.
Nel 1847 le competenze sull'annona e grascia passarono in parte al municipio romano e, con l'istituzione dei ministeri, furono suddivise tra il ministero dell'interno e quello del commercio.