La miscellanea è composta di documentazione di varia provenienza. Fino al 1963, quando fu eseguito il riordinamento e redatto lo schedario, essa era conservata in 178 buste. Attualmente essa è, invece, disposta in 199 buste. Tale aumento è stato causato sia dal ricondizionamento del materiale già appartenente alla Miscellanea, sia dalla aggregazione al fondo di altri piccoli nuclei di documentazione (collezioni, raccolte, etc.) fino a quel momento conservati nella Miscellanea della Soprintendenza o autonomamente. Tali fondi aggregati sono:

Archivi privati: Comneno di Tessaglia, Galletti Bartolomeo e Galletti de Cadilhac Anna, Ginnasi, Giraud, Lavaggi, Mercuri Paolo, Sciarra- Colonna;

Collezioni, autografi, autografi di Gesuiti, autografi di Mamiani Terenzio, autografi di Pio VII e Napoleone I, autografi di pontefici, Camuccini, De Paoli, Gunther, autografi di cardinali;

Raccolte, autenticazione di reliquie di Santi, dispense matrimoniali, documenti della Compagnia di Gesù, documenti della Congregazione dei brevi, documenti sulla "galera di S. Pietro", documenti del Vicariato di Roma, lettere di Carlo V al marchese del Vasto, Sigillari romani, carte dei doni De Cupis, Fiastri, Sciamengo, Schoppl.

Nel 1977 in seguito alla formazione della Collezione Acquisti e Doni sono stati distolti dalla presente miscellanea alcuni gruppi di documenti che, acquisiti a titolo di acquisto o di dono, sono confluiti nella detta collezione, dove costituiscono le serie numerate 1-5, 7-11, 13, 18, 19, 21, 23, 24, 26, 33.