L' archivio comprende anche documentazione precedente, dal 1800, della Congregazione della Sacra consulta, in materia amministrativa e giudiziaria.

Nell' archivio si distinguono le seguenti voci: risoluzioni e deliberazioni (anche della sacra consulta, dal 1800), polizia medica (professioni sanitarie, farmacie e farmacisti, epidemie, quarantene, contravvenzioni e processi), sanità marittima e polizia dei porti (carteggio dei commissari di sanità), polizia sanitaria ed igiene nelle province (idrofobia, cimiteri, epizoozie, boschi e foreste), magistrato centrale di sanità e polizia dei porti di Ancona e Civitavecchia (porti e fari, arrivi e partenze di piroscafi, personale, professioni sanitarie, contumacie, epidemie, epizoozie, tasse marittime, spese, costituti), spese, contabilità (rendiconti dei commissari di sanità).