L' archivio comprende la documentazione di entrambi i dicasteri in quanto il Ministero adottò e continuò lo stesso titolario della Prefettura.
Il fondo è diviso in due parti corrispondenti alle due divisioni, di segreteria e di computisteria, in cui era strutturato il dicastero,corredate da inventari sommari.

Nella prima parte sono presenti pratiche classificate secondo le seguenti voci: Affari generali e di massima, Personale (anche degli ingegneri, delle ferrovie, dei telegrafi, della bonifica pontina), Affari speciali per provincia (strade, e chiaviche, fabbriche, venditori e industrianti, feste, nettezza, illuminazione, acque, acquedotti e fontane, ferrovie, telegrafi, bonifica pontina, fiumi); segue documentazione suddivisa in un titolario di otto voci indicate con il solo numero romano. Vi sono poi una serie di registri quali quelli di deliberazioni, libri mastri, bonifica pontina, e amministrazione acquedotti, contenzioso amministrativo, protocolli e rubricelle.
La seconda parte è costituita da bb. e regg. 355 di contabilità diverse, con autonoma numerazione di corda. Comprende: Giustificazioni del libro mastro della Prefettura, Giustificazioni degli esercizi del Ministero, Contabilità per i lavori pubblici, serie che continua sino all' anno 1866, con documentazione del Ministero del commercio, belle arti, industria, agricoltura e lavori pubblici. La numerazione di corda delle unità di conservazione è autonoma per le due parti .